Sanktuarium św. Jana Pawła II w Krakowie-Łagiewnikach zostało ustanowione 11.06.2011 r. Jest ono połączone z Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” poświęconemu osobie oraz dziełom papieża Polaka.
W Sanktuarium znajdują się relikwie krwi św. Jana Pawła II. Kropla krwi zamknięta jest w szklanej szkatule i stoi na podstawie marmurowego ołtarza, pośrodku ośmiobocznej Kaplicy Relikwii. W sanktuarium przechowywany jest papieski krzyż pastoralny, trzymany przez Ojca Świętego podczas ostatniej drogi krzyżowej, w której uczestniczył w 2005r. oraz mitra i ornat.
W głównym ołtarzu został umieszczony obraz z wizerunkiem Jana Pawła II w otoczeniu polskich świętych, wyniesionych przez Papieża Polaka na ołtarze, m.in.: Jan z Dukli, Rafał Kalinowski, Kinga, Brat Albert, Królowa Jadwiga, Siostra Faustyna Kowalska, Edyta Stein, Maksymilian Maria Kolbe, bp Józef Pelczar, Siostra Urszula Ledóchowska.
Kościół otaczają oratoria związane z kultem maryjnym św. Jana Pawła II, na ścianach znajdują się obrazy przedstawiające wizyty Ojca Świętego w sanktuariach maryjnych całego świata: Fatimie, Lourdes, Mariazell, Altötting, Częstochowie i Kalwarii Zebrzydowskiej.. Sklepienie świątyni z belek ułożonych w formie ośmioramiennej gwiazdy nawiązuje do postaci Najświętszej Maryi Panny Gwiazdy Morza – Stella Maris.
Na ścianach Kościoła Relikwii znajdują się obrazy przedstawiające wizyty Jana Pawła II w sanktuariach: w
Wszystkie osoby mogą uzyskać odpust zupełny w dniu patrona (22 października) lub raz w roku podczas pielgrzymki do tego miejsca, pod zwykłymi warunkami obejmującymi spowiedź, przystąpienie do Komunii Świętej wykluczenie wszelkiego przywiązania do grzechu oraz dowolną modlitwę w intencjach Ojca Świętego.
