Kościół pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia Matki Bożej, zbudowany w latach 1948-1954 w stylu modernistycznym według projektu krakowskiego architekta Zygmunta Gawlika. Skierowana ze wschodu na zachód trzynawowa świątynia może pomieścić do 5 tys. osób. Wysokość wieży, w której działa zegar o pięciu tarczach oraz zawieszone są cztery dzwony, wynosi 47 m. W drzwiach wejściowych umieszczono symbole miejsc najbardziej znanych objawień maryjnych na świecie. W kwietniu 1980 r. papież Jan Paweł II nadał kościołowi honorowy tytuł bazyliki mniejszej, natomiast w marcu 2004 r. dekretem kard. Józefa Glempa bazylika w Niepokalanowie została podniesiona do rangi sanktuarium.
Potrzeba zbudowania w Niepokalanowie nowego kościoła lub przynajmniej dużej kaplicy pojawiła się jeszcze przed 2. wojną światową. W miesięczniku Rycerz Niepokalanej z 1933 r. zamieszczono notatkę: „Konieczna jest budowa nowej kaplicy, albo – jak chcą niektórzy z Czytelników – kościoła, bo w tej już nie sposób nam się pomieścić. Gdyby tylko o nas chodziło, to byśmy się jakoś zmieścili, ale wtedy okoliczna ludność nie mogłaby już korzystać z naszych nabożeństw”. W tym czasie franciszkanie nie dysponowali jeszcze ani planami, ani odpowiednimi finansami, by podjąć się realizacji tak dużego dzieła.
Plany budowy udało się przygotować i zatwierdzić w grudniu 1938 r. w Warszawie. Wynajęta firma przeprowadziła analizę gruntu, na którym miał stanąć kościół. W maju 1939 r. poświęcono krzyż pod budowę i wykopano fundamenty. Rozpoczęte prace przy zalewaniu fundamentów przerwał wybuch wojny we wrześniu 1939 r. Zgromadzone materiały budowlane (głównie drewno) zostały zrabowane przez hitlerowców w grudniu 1939 r.
Po wojnie klasztor, tak jak cała Polska, z wolna dźwigał się ze zniszczeń. Powrócono do pomysłu budowy kościoła, a przygotowanie projektu zlecono krakowskiemu architektowi – inż. Zygmuntowi Gawlikowi. Budowę rozpoczęto pod koniec kwietnia 1948 r., wykorzystując częściowo zachowane fundamenty sprzed wojny. Chętnych do pomocy nie brakowało, toteż prace szybko posuwały się naprzód. Jak relacjonowało „Echo Niepokalanowa” (wewnętrzne pismo klasztoru), Niepokalanów drukował okolicznościowe cegiełki, aby nie zabrakło funduszy na kontynuowanie budowy.
Niemal wszystkie rzeźby, jakie trafiły do powstającego kościoła, zostały wykonane przez miejscowych braci zakonnych – br. Maurycego Kowalewskiego oraz br. Abla Dziełyńskiego. Na wieży kościoła zamontowano zegar, skonstruowany przez miejscowych braci zegarmistrzów, według projektu br. Wawrzyńca Podwapińskiego. Zawieszone cztery dzwony zegarowe, wybijające kwadranse oraz pełne godziny, nazwano Rycerz Niepokalanej, Maksymilian, Franciszek i Antoni.
Kolorowe mozaiki wewnątrz kościoła, ilustrujące życie i męczeńską śmierć św. o. Maksymiliana Kolbego zaprojektowała artystka plastyk Bogdana Drwal. W ściany świątyni wmurowano 14 stacji Drogi Krzyżowej, autorstwa br. Maurycego Kowalewskiego. Witraże w oknach naw bocznych, przedstawiające Matkę Bożą w tajemnicy Chrystusa oraz tajemnicy Kościoła, zaprojektowane zostały przez Łukasza Karwowskiego.
Pod prezbiterium ulokowano kaplicę Matki Bożej Częstochowskiej, gdzie w późniejszym czasie uruchomiono Panoramę Tysiąclecia Chrześcijaństwa w Polsce. Około 140 drewnianych figur, prezentujących postacie z historii Polski (od Piasta do Jana Pawła II), defilowało przed figurą Matki Bożej Częstochowskiej na tle muzyki i stosownego komentarza. Figury wykonali bracia Felicissimus Sztyk i Włodzimierz Błaszczyk. Dla grup zagranicznych komentarz narratora został przygotowany również w językach: angielskim, niemieckim, francuskim i włoskim.
Pierwszą Mszę w kościele – będącym jeszcze w stanie surowym – odprawiono w dniu 8 grudnia 1949 r. Nieco później, w czerwcu 1950 r. na mocy dekretu kard. Stefana Wyszyńskiego w Niepokalanowie powołano do życia parafię. Przybywający do Niepokalanowa pielgrzymi już od pobliskiej stacji kolejowej widzieli, że Niepokalanów oczekuje na nich w nowej świątyni. W październiku 1954 r. biskupi: Wacław Majewski oraz Karol Niemira konsekrowali kościół pod wezwaniem Matki Bożej Niepokalanej Wszechpośredniczki Łask w Niepokalanowie. Uczynili to w zastępstwie kard. Stefana Wyszyńskiego, uwięzionego wówczas przez władze komunistyczne.
Najdroższym miejscem dla każdego mieszkańca Niepokalanowa jest stara kaplica, dziś sanktuarium św. Maksymiliana.
Jest to najstarszy budynek w klasztorze. Od tego miejsca wszystko się zaczęło. W tej kaplicy modlił się Święty, tu odprawiał Msze święte, głosił konferencje. To w niej bracia składali śluby zakonne.
Kaplica nadal jest kolebką klasztoru. Tuż przy zakrystii można zobaczyć pierwszą celę św. Maksymiliana, w której on mieszkał od założenia Niepokalanowa w 1927 r. aż do 1930 r.
Obok kaplicy od strony szosy widać niewielką figurkę Niepokalanej. Ją to w 1927 r. postawił św. Maksymilian na jeszcze pustym polu, kiedy miał otrzymać teren od księcia Jana Druckiego-Lubeckiego. Figura Niepokalanej ukazuje ideę Niepokalanowa, klasztoru należącego do Niepokalanej i służącego Jej sprawie.
