Bazylika św. Franciszka w 2000 r. została wpisana na listę zabytków Unesco. Kościół został ukończony w XIII w. i rozbudowywany w XIV i XV w., pod koniec XIX ucierpiał z powodu silnego trzęsienia ziemi. Bazylika składa się z dwóch kościołów dolnego oraz górnego. Pod głównym ołtarzem w dolnym kościele mieści się krypta z ciałem św. Franciszka, którego położenie nie było znane przez 600 lat. Dopiero w 1818 r. papież Pius VII nakazał poszukiwania grobu, który po znalezieniu udostępniono zwiedzającym.
Kościół jest połączony z Klasztorem Franciszkańskim, który był budowany równolegle z kościołem. Cała zabudowa stoi na Wzgórzu Rajskim.
