Sanktuarium poświęcone jest tajemnicy jego narodzin. Kościół Nawiedzenia znajduje się w górnej części Ain Karem, tradycja wiąże z tym miejscem spotkanie Maryi z Elżbietą, utrzymując, że tam rodzina Zachariasza posiadała letnią rezydencję, w wala Elżbieta, ukrywając przed innymi swój osiągnięty w późnym wieku, stan błogosławiony. Na rozwiązanie miałaby powrócić do właściwego domu, który znajdował się w dolinie. To miejsce ma wskazywać kościół Narodzenia wraz z klasztorem należący do franciszkanów.
Teren, na którym zbudowany jest kościół św. Jana, był zamieszkały od dawna, a jego ślady zostały wydobyte dzięki badaniom archeologicznym (odnaleziono skorupy gliniane z czasów Heroda, a więc z czasów narodzenia św. Jana). Z czasów rzymskich – po powstaniach żydowskich tereny te zostały zasiedlone przez ludność pogańską -znaleziono figurę bogini Wenus, która obecnie znajduje się w Muzeum Rockefellera w Jerozolimie.
W miejscu obecnego kościoła już w V lub VI wieku po Chrystusie zbudowano kaplicę, której pozostałości odkryte zostały podczas prac budowlanych pod koniec XIX wieku. Zachowany fragment mozaiki z prezbiterium tejże kaplicy zawiera grecką inskrypcję – „Bądźcie pozdrowieni, męczennicy Boży” – otoczoną motywami kwiatowymi. Już wtedy czczono tu męczenników, którzy podobnie jak Jan Chrzciciel, nie wahali się oddać życia za głoszoną prawdę.
Na tym miejscu w XII wieku został odbudowany kościół przez krzyżowców, zajęty potem przez muzułmanów został sprofanowany. Odzyskano go w roku 1621 dzięki staraniom Kustosza Ziemi Świętej o. Tomasza z Novary, w roku 1674 został odrestaurowany i przywrócony dla potrzeb kultu.
Kościół ma trzy nawy, podzielone filarami. Główny ołtarz poświęcony jest św. Janowi Chrzcicielowi, natomiast nawa południowa św. Elżbiecie. Nawa północna zakończona jest schodami prowadzącymi do groty, która mogla stanowić część domu Zachariasza, gdzie według tradycji urodził się św. Jan Chrzciciel. Nad wnęką zbudowany jest ołtarz zdobiony marmurowymi płaskorzeźbami ze scenami z życia św. Jana.
Ściany kościoła wyłożone są malowanymi płytkami ceramicznymi, a na nich znajdują się liczne obrazy przedstawiające sceny z życia św. Jana. Układ obrazów i ich nagromadzenie robi wrażenie raczej sali muzealnej niż obiektu sakralnego. Natomiast właściwe małe muzeum znajduje się za zakrystią i tam jest ekspozycja szat i przedmiotów liturgicznych.
Na obszernym podwórzu przed kościołem umieszczono ponad dwadzieścia tablic z tekstem pieśni Zachariasza, zwanej „Benedictus”, w różnych językach. Polska tablica została ufundowana dla uczczenia 750. rocznicy przybycia franciszkanów do Polski. Polscy pielgrzymi zatrzymują się przy tej tablicy i słowami Zachariasza sławią wielkie dzieła Boże, wśród których narodzenie św. Jana Chrzciciela było zapowiedzią przyjścia Mesjasza jako Wschodzącego Słońca.
Pielgrzymowanie doszło do granic Jerozolimy, w której dokonały się najważniejsze tajemnice naszej wiary. Przebyta droga przygotowała nas na przejście śladami Jezusowej męki, śmierci, zmartwychwstania i wstąpienia do nieba, które stanowią zdecydowaną większość tego wszystkiego, będziemy nawiedzać w Świętym Mieście trzech religii monoteistycznych.
źródło: „W Ojczyźnie Chrystusa”