Wszystko to miało służyć wygodzie przybywających pielgrzymów, gdyż do tej pory krzyż ustawiony był w nawie głównej świątyni. Przez wieki zmieniał się wygląd samej figury Chrystusa, jak i jego otoczenie. Wyposażenie kaplicy cudownego wizerunku (nowy ołtarz, sprzęty liturgiczne, dywany, krata oddzielająca kaplicę od reszty kościoła) przypisuje się Stefanowi Żółtowskiemu, który cudownie uratowany od śmierci w bitwie pod Cecorą (w 1620 roku), w podzięce zatroszczył się o godniejszy wygląd miejsca kultu. Obecny ołtarz Chrystusa Ukrzyżowanego jest XVIII-wieczny (być może obecny ołtarz to kompilacja różnych detali architektonicznych, której dokonano przy restauracji tegoż ołtarza po pożarze w 1743 r.). W latach 1914-1918 przeprowadzono restaurację kościoła klasztornego. Zmieniono też wystrój kaplicy Krzyża – usunięto barokowe figury Maryi i św. Jana oraz symboliczne głazy i czaszkę ludzką, które ustawione były pod Krzyżem. Doskonale pokazują nam to zachowane obrazki z wizerunkiem łaskami słynącej figury Chrystusa. W wyglądzie figury wielokrotnie zmieniano także przepaskę na biodrach (perizonium) – najstarsze wizerunki pokazują perizonium ze złotogłowiu, ofiarowane jeszcze przez Stefana Żółtowskiego w XVII wieku.
W latach 1914-1918 przeprowadzono restaurację kościoła klasztornego. Zmieniono też wystrój kaplicy Krzyża – usunięto barokowe figury Maryi i św. Jana oraz symboliczne głazy i czaszkę ludzką, które ustawione były pod Krzyżem. Doskonale pokazują nam to zachowane obrazki z wizerunkiem łaskami słynącej figury Chrystusa. W wyglądzie figury wielokrotnie zmieniano także przepaskę na biodrach (perizonium) – najstarsze wizerunki pokazują perizonium ze złotogłowiu, ofiarowane jeszcze przez Stefana Żółtowskiego w XVII wieku. Obecny wystrój ołtarza został nieco zmieniony: barkowy, czarny ołtarz przemalowano na obecny, ciemno-zielony, wkomponowano nowe tabernakulum, świeczniki i pulpit (w 1976 roku). W trakcie prac konserwatorskich przemodelowano również samą figurę (usunięto snycerskie pukle włosów, ukryte pod naturalnymi włosami przytwierdzonymi do figury, i rzeźbioną przepaskę biodrową) i wymieniono (w 1963 roku) mocno zniszczone drzewo krzyża, na którym wisiał cudowny wizerunek. Archiwalne ryciny i zdjęcia mówią nam także o ilości i rodzaju wotów, jakie zawieszany były przy Krzyżu (czy też na piersiach Chrystusa lub pod figurą). Składanie wotów przez pielgrzymów jest nieodłączne od kultu Zbawiciela w mogilskim sanktuarium – tradycja ta nie zanikła przez wieki i wciąż jest żywa. Trzeba zaznaczyć, że wota składane w sanktuarium są nie tylko podziękowaniami za otrzymane łaski, pątnicy składają również wota błagalne, upraszające Chrystusa o potrzebne dobra duchowe czy materialne. Po kolejnej kradzieży wotów (29/30 grudnia 1980 roku) sprzed cudownego wizerunku o. opat Bogumił Salwiński OCist nakazał wykonać kopie skradzionych precjozów na podstawie zachowanych zdjęć. Tak więc zabytkowe wota przepadły bezpowrotnie, natomiast dziś przy Krzyżu znajdują się ich kopie.
Wnikliwy obserwator dostrzeże również, że swego czasu nad Krzyżem umieszczony był inny napis – „Jezu mój miłosierdzia”, później zmieniony na „Charitas sine modo”. Mogilski wizerunek był zasłaniany tkaniną o różnych kolorach: w Wielkim Poście – fioletową, w okresie Wielkanocnym – białą, a w czasie rozbiorów – w kolorze czarnym, symbolizującym żałobę narodową. W czasie odsłaniania i zasłaniania figury wierni śpiewali specjalną pieśń (dziś już nie jest używana). Z biegiem lat (na początku XX wieku) miejsce tkanin zajęła zasłona z wymalowanym krzyżem wśród liści akantu, autorstwa Jana Bukowskiego. W roku 1965, po kradzieży wotów, założono nową zasłonę, wykonaną z miedzi posrebrzanej (ze scenami drogi Chrystusa na Golgotę), rozsuwającą się na boki.
Ponieważ w archiwum klasztornym nie zachował się dokument potwierdzający autentyczność relikwii świętego Krzyża, jakie klasztor posiada, dlatego o. Bogumił Salwiński († 1991 r.), opat mogilski, podjął starania u Stolicy Apostolskiej o nową relikwię. Tak od roku 1961 opactwo posiada potwierdzoną, sporą cząstkę relikwii Krzyża św. (a także tę z niezachowanym dokumentem autentyczności), pochodzącą z bazyliki Santa Croce w Rzymie (bazylika ta pozostaje pod opieka tamtejszych cystersów). Mogilska relikwia została oprawiona w nowy, neoromański relikwiarz, wykonany na wzór oryginalnego dzieła pochodzenia hiszpańskiego. Pątnicy mają okazję uczcić w Sanktuarium mogilskim te relikwie przez ucałowanie, głównie w czasie odpustu, czuwań pierwszopiątkowych oraz podczas nabożeństw wielkopostnych.
W maju 2008 roku relikwia Krzyża świętego została oprawiona w nowy, mosiężny i złocony relikwiarz, ufundowany przez Jadwigę Wujecką.
