Pierwsze wzmianki o wsi Skalnik pochodzą z 1391r. W latach 1416-1421 wieś należała do Mikołaja Skaleńskiego; związana była z krakowską kolegiatą św. Floriana; w 1516r.  Skalnik przeszedł pod władanie rodziny Stadnickich, a następnie połączony został wspólnotą własnościową z Nowym Żmigrodem. Od 1772-1918 był pod zaborem austr., potem wrócił do Polski. Parafia w Skalniku powstała po 1375r. (należały do niej miejscowości: Skalnik, Desznica i Brzezowa), jednak z powodu słabego uposażenia bp krakowski i prymas Królestwa Polskiego Piotr Gamrat (1538-1545) chciał znieść samodzielną placówkę skalnicką. Stało się to  faktem w połowie XVIII w. Parafię Skalnik połączono  z placówką w Samoklęskach,  a następnie w Nowym Żmigrodzie. Samodzielną parafią Skalnik stał się znów 12 VIII 1939 r. Do 1786 należał on do diec. krakowskiej, w 1786r. terytorium parafii znalazło się na obszarach diec. tarnowskiej, a po jej kasacie włączone zostało w 1805r. do łac. diec. przemyskiej. Od 25 III 1992r. parafia należy do diec. rzeszowskiej. W początkach istnienia parafia należała do dekanatu Jasielskiego, a od ok. 1595r. do żmigrodzkiego (od 1448r. wchodziła w skład archidiakonatu sądeckiego, a w 1763r. przyłączona została do archidiakonatu wojnickiego). Od XVI w. Skalnik należał do oficjalatu bieckiego.

Skalnik posiada murowaną świątynię wzniesioną w latach 1908-1911. Poprzednie dwa drewniane kościoły nie zachowały się, pozostały jedynie obrazy z dwóch kwater ołtarzowych z ok. 1530 r. W gł. ołtarzu znajduje się łaskami słynący obraz MB Bolesnej, Królowej Gór z poł. XV w. – ikonowy typ Hodegetrii. Początki kultu – XVII/XVIII w. Obraz koronowany na prawie diecezjalnym złotymi koronami 9 IX 2007 r. przez abp. Edwarda Nowaka w obecności bpa rzeszowskiego Kazimierza Górnego.

Cudowny obraz

Starania o koronację Matki Bożej Bolesnej w Skalniku podejmowane były już ponad 40 lat temu przez ks. Michała Wójtowicza i wiernych, nie przyniosły jednak efektu. Rozpoczął je na nowo ks. Stanisław Sokalski w latach 80-tych, ówczesny proboszcz skalnicki. Dzięki jego inicjatywie sporządzone zostały złote korony na skronie Dzieciątka i Maryi. Korony pobłogosławił Ojciec Święty Jan Paweł II w Rzymie podczas pielgrzymki diecezjalnej 23 października 2002 r.
Na mocy bulli Jana Pawła II Totus tuus Poloniae populus z 25 marca 1992 r. parafia Skalnik należy do diecezji rzeszowskiej. W niej znajduje się łaskami słynący obraz Matki Bożej Bolesnej, czczonej w tym środowisku jako Królowa Gór. Według historyków sztuki, obraz powstał w XV wieku. Wizerunek przedstawia Maryję z Dzieciątkiem. Jest on ikonowym typem Hodegetrii. Maryja ukazana jest od linii bioder, z głową lekko pochyloną ku Jezusowi. Lewą ręką podtrzymuje Dzieciątko, zaś prawą wskazuje na Nie. Twarz Madonny jest pociągła, o łagodnym, zatroskanym wyrazie. Dłonie ma wąskie o nadmiernie długich i cienkich palcach. Dzieciątko zwrócone lekko do widza, ma prawą rękę wzniesioną w geście błogosławieństwa, zaś lewą wspiera na książce opartej na kolanach. Obie postacie, Maryja i Dzieciątko – odziane są w brązowozielone szaty, oblamowanie złotem. Głowy mają przyozdobione aureolami.
Początki kultu Matki Bożej Bolesnej sięgają prawdopodobnie przełomu XVII i XVIII wieku. Wydarzenia, jakie miały miejsce w historii naszej ojczyzny, nie wpłynęły pozytywnie na rozwój kultu i zachowanie wiadomości o otrzymywanych łaskach. Historycy podają, iż być może, rys pasyjny wizerunku Matki Bożej wpłynął na rozwój tej szczególnej czci w związku z wydarzeniami, jakie miały miejsce w Rzeczypospolitej, w tym także w Skalniku i okolicy.
Pamięć o kulcie Matki Bożej Bolesnej przetrwała w tradycji ludowej. Nie zachowała się dokumentacja kultu z okresu I Rzeczypospolitej, ponieważ dopiero w XVIII wieku w protokołach wizytacji kanonicznych zaczęto zapisywać dane o łaskami słynących obrazach, a Skalnik stracił prawa parafialne przed połową tegoż stulecia. Innym ciosem dla kultu Matki Bożej Bolesnej było ustawodawstwo józefińskie w zaborze austriackim, zwalczające przejawy czci łaskami słynących wizerunków. Z zachowanych relacji wynika, że do Matki Bożej Skalnickiej przed I wojną światową przybywały pielgrzymki także z obecnej Słowacji i gromadziły grekokatolików oraz łacinników z diecezji koszyckiej. Pierwsze relacje o szczególnej czci Matki Bożej Skalnickiej spisał ks. Michał Wójtowicz między rokiem 1952 a 1961.
Obraz Matki Bożej Bolesnej w Skalniku został w 1962 r. uznany przez Diecezjalną Komisję Sanktuariów Maryjnych za „starożytny” i otoczony szczególną czcią przez miejscową ludność. W dwa lata później rozpoczął starania o erygowanie sanktuarium w Skalniku. Od roku 2003 starania o koronację prowadził i troskę nad sanktuarium sprawował ksiądz proboszcz Jerzy Sepioł. Historia obrazu Matki Bożej Bolesnej jest głęboko wpisana nie tylko w dzieje parafii Skalnik, ale także w serca czcicieli.